Conforme consta no Estatuto da INSJCM – Os Tocoistas, no seu Artigo 34º, (Líder Espiritual), a liderança da Igreja compete à Sua Santidade Bispo Don Afonso Nunes, que a exerce em virtude da excelência espiritual de que está revestido, sendo o órgão individual supremo da INSJCM, que tem a incumbência de dirigir espiritual, administrativa, eclesiástica e socialmente a Igreja.

No exercício das suas funções, o Líder Espiritual é coadjuvado por Bispos Auxiliares, cujas competências são exercidas por delegação de poderes.